Cách tải và cài đặt Package từ Bioconductor

Cách tải và cài đặt Package từ Bioconductor

Bioconductor là gì?

Bioconductor là website cung cấp rất nhiều công cụ mạnh mẽ trong phân tích và diễn giải kết quả của các high-throughput genomic data. Các công cụ từ Bioconductor hoạt động trên hệ sinh thái của ngôn ngữ R (dưới dạng các package) với nhiều ưu điểm.

Hôm nay, Tinhoctoday xin giới thiệu với các bạn cách để tìm và tải package từ Bioconductor một cách thuận tiện.

Tải và cài đặt từ Bioconductor

Từ trang tìm kiếm của Google, các bạn gõ Bioconductor.

Click chọn Bioconductor Software Packages

downloadpackagetubioconductor1

Hoặc vào trực tiếp trang Biocondcutor Software Packages tại đây.

Từ giao diện của website, bạn có thể chọn package mà mình muốn download và click chọn. Ví dụ mình muốn tải và cài đặt package có tên affycomp.

downloadpackagetubioconductor2

Ở thanh giao diện mới hiện ra, mình tìm phần Installation và xem các dòng code họ cung cấp.

downloadpackagetubioconductor3

Copy đoạn code và paste vào phần mềm R (có thể cần gõ Enter để nhập dòng lệnh cuối cùng), quá trình cài đặt sẽ diễn ra tự động.

downloadpackagetubioconductor4

Sau khi cài đặt xong, bạn gõ n và bấm Enter để kết thúc quá trình cài đặt.

Ngoài ra, Bioconductor có cung cấp tài liệu hướng dẫn sử dụng package ở phần Documentation để giúp bạn hiểu cách sử dụng package.

Tải và cài đặt trực tiếp từ R

Trong trường hợp bạn đã biết chính xác tên package mình cần, bạn có thể dùng đoạn code sau để tải và cài đặt package trực tiếp trong R. Cách này có thể giúp bạn cài đặt nhiều hơn một package.

source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(c(“GenomicFeatures”, “AnnotationDbi”))

Lưu ý: Tên của package đặt trong dấu nháy, mỗi package cách nhau bởi một dấu phẩy.

Chúc bạn thành công! Nếu có thắc mắc gì thì hãy comment bên dưới nhé!

Comments

comments

2 thoughts on “Cách tải và cài đặt Package từ Bioconductor

  1. cám ơn bạn đã giúp đỡ. Mình muốn hỏi trong trường hợp trong menu Bioconductor không có package mà mình muốn cài đặt thì làm thế nào. Ví dụ mình muốn cài package “ggfortify” và package “surviminer”
    cám ơn Bạn nhiều

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *